ในตอนที่อิซาเบลเสียชีวิต มาร์กาเร็ตมีอายุ 19 ปีและยังไม่ได้สมรส ครอบครัวของเธอมีอำนาจมากกว่าที่เคยมีเมื่อครั้งที่เธอยังอยู่ในวัยเยาว์ เมื่อพี่ชายของเธอกลายเป็นพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 แห่งอังกฤษ หลังภรรยาเสียชีวิตได้ไม่นานชาร์ลส่งทูตมาอังกฤษเพื่อขอสมรสกับมาร์กาเร็ต ทว่าการเจรจาดังกล่าวถูกลากยาวออกไป ความยุ่งยากเกิดขึ้นเมื่อพระเจ้าหลุยส์ที่ 11 แห่งฝรั่งเศสพยายามใช้อำนาจที่มีทำทุกวิถีทางเพื่อทำลายข้อตกลงสมรส เพื่อไม่ให้อังกฤษและบูร์กอญกลายเป็นศัตรูตัวฉกาจของพระองค์ ความล่าช้าทำให้มีข้อเสนอขอสมรสอื่นยื่นถึงมาร์กาเร็ตและในปี ค.ศ. 1466 มาร์กาเร็ตได้หมั้นหมายกับเปโดร องครักษ์แห่งโปรตุเกส ทว่าเขากลับเสียชีวิตในวันที่ 29 มิถุนายน ค.ศ. 1466 ก่อนที่การสมรสจะเกิดขึ้น

ปี ค.ศ. 1467 ฟีลิปผู้ดีงามได้ถึงแก่กรรม ชาร์ลผู้อาจหาญสืบทอดตำแหน่งเป็นดยุคแห่งบูร์กอญต่อจากบิดา พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ต้องการการสนับสนุนจากชาร์ลมาช่วยรับมือกับปัญหาภายในประเทศเมื่อริชาร์ด เนวิลล์ เอิร์ลแห่งวอริคได้วางแผนกับชาวฝรั่งเศสต่อต้านพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด เพื่อให้ได้มาซึ่งการสนับสนุนจากชาร์ล ข้อตกลงสมรสระหว่างชาร์ลกับมาร์กาเร็ตจึงถูกทำขึ้นอย่างเป็นทางการในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1467 และได้รับการลงนามในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1468

พระเจ้าหลุยส์ที่ 11 ยังคงเดินหน้าขัดขวางการสมรสต่อไป ทว่าในวันที่ 23 มิถุนายน ค.ศ. 1468 มาร์กาเร็ตได้ออกเดินทางจากอังกฤษและไปถึงสเลิสในแฟลนเดอส์ในวันที่ 25 มิถุนายน ค.ศ. 1467 มาร์กาเร็ตได้พบกับชาร์ลครั้งแรกในวันที่ 27 มิถุนายน และทั้งคู่สมรสกันในวันที่ 3 กรกฎาคม ค.ศ. 1468

หลังการสมรสชาร์ลออกเดินทางไปบรูช มาร์กาเร็ตตามไปถึงในภายหลังโดยมีการจัดงานเฉลิมฉลองต้อนรับเธออย่างยิ่งใหญ่เป็นเวลาเก้าวัน หลังงานเฉลิมฉลองมาร์กาเร็ตเดินทางไปแฟลนเดอส์, บราบันต์ และแอโนพร้อมกับมารี ธิดาเลี้ยง